يعتبر نهر النيل من السمات الطبيعية الرئيسية لجنوب السودان، الذي يجري العديد من روافده في البلاد. تحتوي المنطقة أيضاً على العديد من الموارد الطبيعية مثل النفط وخام الحديد والنحاس وخام الكروم والزنك والتنغستن والميكا والفضة والذهب والطاقة الكهرومائية.